Ten Twój opis jest tak chaotyczny, że nic z niego nie rozumiem. Najlepiej zapodaj screena z widocznym oknem warstw.
Warstwy są jakby stosem kartek, z tym że niektóre mogą być przezroczyste. Wyższa warstwa zawsze przesłania niższą, chyba że jest całkiem przezroczysta albo wyłączysz jej widoczność

. Jeśli połączysz wszystkie widoczne warstwy, to zostanie Ci to, co było widać w oknie obrazu, bezpośrednio przed połączeniem (i ew. warstwy, które były niewidoczne, więc nie uległy połączeniu). Jak masz np. wyżej czerwoną warstwę, a poniżej białą , to po połączeniu zostanie tylko czerwona, tak jakbyś skleił dwie kartki, naklejając czerwoną na białą. Jeśli warstwa powyżej jest półprzezroczysta, bo zmniejszyłeś jej krycie, to po połączeniu biały kolor będzie prześwitywał i w efekcie otrzymasz obraz różowy, tak jakbyś na białą kartkę nakleił przezroczystą, czerwoną szybkę. A tak w ogóle, to powinieneś sobie przeczytać jakiś tutorial o pracy na warstwach, bo najwyraźniej nie znasz podstaw. Proponuję np.:
http://www.gimpuj.info/index.php/topic,7973.msg44383.html.