A sprawdź w innej przeglądarce PDF. U mnie np. w Adobe Reader pokazują się dziwne pogrubienia niektórych liter i jest to znany problem tej przeglądarki, a w innych tego nie ma. Tzn. tak było kilka lat temu, nie wiem jak teraz, bo od dawna nie używam Adobe Reader. Pamiętam tylko, że była to kwestia domyślnych ustawień, które należało zmienić. No ale nie napisałeś jakiej przeglądarki PDF używasz...
Ew. musiałabym zobaczyć plik XCF, ale jeszcze nie zainstalowałam najnowszej wersji GIMP i dziś raczej nie będę mieć czasu

Przejrzyj dokładnie wszystkie warstwy, czy tam jakichś zbłąkanych pikseli nie ma na pustej warstwie np.
Można jeszcze ten PDF otworzyć w Inkscape (jeśli używasz) i sprawdzić, czy tam się coś dziwnego nie pokazuje. Ogólnie do tworzenia PDF lepiej używać Inka