Może w takim razie miałeś obraz w trybie indeksowanym. Sprawdź: Obraz -> Tryb. Powinien być w RGB. Przy zamianie koloru w alfę absolutnie nie należy klikać Delete, to jakaś bzdura.
Obraz jest w trybie RGB i dalej "Kolor na alfę..." jest szare. Z tym delete to nie bzdura bo przy zaznaczaniu według koloru, jak zaznaczę i kliknę delete to robi się pełna przezroczystość.
Co do wektoryzacji, to widać że kształt liter wygląda nie najlepiej i ogólnie ten biały podcień (wytłoczenie?) stał się częścią tego, co było wcześniej zielone, zniekształcając całość. Jednak jak na tak mały i słabej jakości obrazek, to faktycznie wyszło zadziwiająco dobrze. Nie poprawiałeś tego ręcznie?
Bezpośrednio po wektoryzacji uzyskałem taki efekt :

(ten wcześniejszy, który jest w poście był już przerobiony z tłem przez pomyłkę)
Do pełni szczęcia w Inkscape potrzebowałem usunąć kontury w jednej z opcji.
Nic nie poprawiałem ręcznie oprócz koloru oczywiście. A litery rzeczywiście są lekko zniekształcone, ale dla moich zastosowań nie ma to znaczenia.