Mam ten sam problem.
tablet: bamboo3 pen
os: win7/x64
gimp: 2.8.6
Podczas używania przycisków na piórze działają one tak jakby zawsze były ustawione na domyślne ustawienia z "Preferencji Wacom", tzn. dolny przycisk wyświetla menu kontekstowe, górny przesuwanie rysunku, a przypisane mam na nie skróty klawiszowe. Działają normalnie poza obszarem roboczym rysunku (np. w oknie narzędziowym warstw, kanałów itd..). W innym programach graficznych ten problem nie występuje, tylko w GIMPie