5/10 nawet ciekawy pomysł, choć mam wrażenie, że już go kiedyś widziałem...
Tylko powiedz temu kotowi, by mnie przestał oblizywać, bo już się zrobiłem mokry

Jeśli dobrze rozumiem to masz parę(-naście) przeźroczystych warstw z "głównym wątkiem animacji" oraz jedną z tłem?

W takim razie nie musisz jej łączyć z każdą warstwą, wystarczy że lekko przerobisz swojego gifa. Każda klatka animacji w gifie może pokrywać poprzednią w jednym z dwóch trybów: zamiany(replace) i składania(combine). Ten pierwszy wymaga by klatka posiadała pełną informację o swoim wyglądzie, podczas gdy drugi pozwala by było w niej tylko te piksele, które mają być zmienione (klatka różnicowa). Ty potrzebujesz właśnie tej drugiej metody .

Umieść warstwę z tłem na samym dole i ewentualnie połącz ją z tą bezpośrednio nad nią (utwórz pierwszą klatkę "pełną", z tłem). Potem wybierz Filtry -> Animacja -> Optymalizacja (różnica). Otrzymasz nowy obraz. Teraz (jeśli nie robiłeś tego wcześniej) zmień jego tryb kolorów na "indeksowany". Potem do nazwy pierwszej klatki dodaj "(replace)" (gdyż ważne jest by pierwsza klatka "czyściła" animację na samym początku). Gdy będziesz zapisywał ją do GIFa w oknie "Zapisz jako GIF" przy opcji "Pozbycie się ramki kiedy jest nieokreślona" ustaw "Kumulacja warstw (składanie)".

Oprócz tego, że oszczędzisz sobie masy czasu, to jeszcze w dodatku taki gif będzie dużo mniejszy (w kilobajtach ) niż analogiczny, w którym każda klatka posiada swoje (identyczne) tło. Jak to mówią programiści "Don't Repeat Yourself!" (Nie powtarzaj się!)