Niestety nie znam takiego programu. Może spytaj na forum dotyczącym tego Inventora. Normalnie plik PNG powinien mieć przezroczyste tło i jeśli przeglądarka internetowa oraz przeglądarka obrazów wyświetlają go prawidłowo z przezroczystym tłem, to z plikiem jest wszystko w porządku. Problemu musisz szukać w tamtym programie. Może potrzebuje plików w jakimś specjalnym formacie.
PS
Niektóre programy pokazują przezroczyste tło także w formacie BMP, który został zapisany z przezroczystym tłem, np. GIMP czy XnView ale w podglądzie obrazów Windows czy przeglądarce internetowej tło będzie czarne.
@Edit:
Trochę późno, ale jeszcze się temu przyjrzałam i może spróbuj podczas eksportu do PNG zaznaczyć opcje: "Zapisanie koloru tła" oraz "Zapisanie wartości kolorów dla przezroczystych pikseli". Nie wiem czy to coś da, prawdopodobnie nic, ale sprawdzić nie zaszkodzi