Jedyne co mi przychodzi do głowy, to zaznaczenie tego tła przy pomocy
narzędzia zaznaczenie wg koloru 
i odwrócenie zaznaczenia (
Zaznaczenie -> Odwróć) przed zastosowaniem zmian. Trzeba to zrobić na każdej klatce z osobna. Inny (chyba lepszy) sposób, to zamienić kolor tła w przezroczystość:
Kolory -> Zmiana koloru na alfę, a po edycji dodać je ponownie.
Jeśli kolor tła jest czarny lub biały to barwienie, zmiana nasycenia, odcienia czy balansu kolorów (z zachowaniem luminacji) i tak nie będą mieć na niego wpływu.