W obrazach Anaglifów ważne jest aby pokazać różnice pomiędzy dwoma obrazami.
Obrazy (zdjęcia) muszą być wykonane równolegle względem siebie, z dwóch różnych punktów oddalonych od siebie o pewną odległość. Różnica perspektywy z obu punktów powinna być uwydatniona za pomocą dwóch różnych barw dopasowanych do okularów, które mają służyć jako filtry barwne tak aby każde z oczu otrzymało tylko jeden obraz.
Przemieszczanie jednego obrazu duplikując go - nie odda efektu trójwymiarowego.
Do rzeczy - anaglif wykonuje się w GIMPIE tak samo jak w PHOTOSHOPIE

Mamy dwa obrazy na dwóch warstwach.
W jednym z nich pozbywamy się informacji o kolorze czerwonym za pomocą np. kolory->krzywe.
wybieramy kanał czerwony i wszystkie wartości na zero (za pomocą linii, którą można przemieszczać).
W drugim obrazie pozbywamy się informacji o kolorze niebieskim i zielonym.
Ustawiamy dwa obrazy idealnie nad sobą i następnie w górnej warstwie wybieramy tryb wyświetlania (Domyślnie w oknie warstw na górze) na "Suma".
Różnice w obrazach przedstawione są kolorami "okularów") a reszta dąży do białego

a tu dla ciekawskich:
http://www.algorytm.org/przetwarzanie-obrazow/anaglify-tworzenie-obrazow-3d.html