Po otwarciu obrazka, otwierasz gif jako nową warstwę (Plik -> Otwórz jako warstwy). Duplikujesz
warstwę z obrazkiem tyle razy, ile jest klatek - warstw w otwartej animacji. Następnie pod każdą warstwą animacji umieszczasz warstwę z obrazkiem, łączysz je parami (w oknie warstw klikasz PPM na warstwie z animacją i wybierasz "Połącz w dół") i zapisujesz jako animację GIF. Można też połączyć pary warstw odwrotnie, tzn. powyżej warstwa z nieruchomą grafiką i wyciętym, przezroczystym okienkiem, a poniżej klatka animacji, która będzie widoczna w tym "okienku".