Spróbuj po przesunięciu okna na środek wejść w Edycja -> Preferencje -> Zarządzanie oknami i tam kliknij w "Zapisz położenia okien" oraz odznacz opcję "Zapisywanie położenia okien przed zakończeniem". Tylko pamiętaj, aby najpierw ustawić sobie wielkość i położenie okien tak, jak Ci pasuje i dopiero wtedy zapisać.
Wielkie dzięki.
Po zastosowaniu tych zaleceń, okno główne ustawia się już centrycznie.

Co prawda ma niewielki margines od góry (około 1,5 cm) i muszę go każdorazowo nieco podciągnąć, ale tak miał "od zawsze", więc do tego już przywykłem, bo to niewielka uciążliwość.
Za poradę rewanżuję się kwiatuszkami:

Pozdrawiam
mk
//bea: 