Ok. Rozwiązałem problem - okazało się, że w moim pliku właściwość warstwy Blend mode z Normal na Multiply.
Co do klonów to robiłem standardowe klony Alt+D - robię tak gdyż wypełnienie przycinam głównym kształtem żeby cieniowanie nie wychodziło po za kontur. Nie robię tego duplikatem (Ctrl+D) gdyż ten się nie aktualizuję gdy zmienię źródłowy obiekt co ma często miejsce.
@be
Nie bardzo rozumiem, po co wklejać klon do nowego dokumentu...
Chodziło mi o to, że problem pojawia się gdy do SVG z v0.91 skopiuje coś z SVG z v0.48. Oczywiście nie wklejam klona tylko cały obiekt wtedy - Przykładowo Gdy rysuje postać, której jakąś część ciała ma wyglądać identycznie jak w innej mojej pracy - to nie będę przecież rysować drugi raz - tedy kopiuje np. głowę czy nogę - a potem problem się pojawia w tym pliku, w którym pracuje.