Trzeba dodać do warstwy przezroczystość:
Warstwa -> Przezroczystość -> Dodaj kanał alfa.
Zamiast gumowania lepiej jednak posłużyć się maską warstwy. Dodajesz białą maskę i malujesz po niej czarnym pędzlem. Wszystko co zamalujesz na czarno stanie się przezroczyste, a na szaro półprzezroczyste. Jeśli za dużo zamalujesz czarnym kolorem, zawsze możesz przywrócić krycie malując białym, ponieważ oryginalny obrazek nie zostaje naruszony jak w trakcie gumowania. Tutorial:
http://www.gimpuj.info/index.php/topic,66051.0.html