Po co zaznaczać tło przed kliknięciem DELETE?? Bez zaznaczania efekt byłby dokładnie taki sam. Poza tym jak chciałeś mieć przezroczyste, to trzeba było od razu utworzyć przezroczysty obraz, zamiast tak komplikować. Koloru szybciej pozbędziesz się stosując desaturację.
http://www.gimpusers.com/tutorials/smoke-and-flames - tutaj chyba nieco lepiej to wyszło.
I dziwnym zbiegiem okoliczności, na tym filmiku:
https://www.youtube.com/watch?v=R4iEU-BLN8Q przedstawiono niemal identyczny sposób tworzenia dymu...