Jeśli na stronie ma się wykonać jakaś akcja (napisanie komentarza, oddanie głosu, wyświetlenie boksu do logowania, to dawaj go, gdzie się da - ułatwia interakcję ze stroną, nie trzeba przeładowywać całej strony).
Jednak NIE UŻYWAJ AJAX-a to ładowania treści całych stron (w sensie po kliknięciu na "Kontakt" ma mnie przenieść na stronę "Kontakt", a nie załadować zawartość strony w tle i po chwili wyświetlić. Nie rób też "bezużytecznych linków", w które nie da się kliknąć bez JS, w ogóle
staraj się, by strona oferowała tyle samo funkcji niezależnie od tego, czy JS jest włączony, czy też nie.
Słowo-klucz:
http://en.wikipedia.org/wiki/Unobtrusive_Javascript (możesz sobie poczytać o tym więcej)