A testowałeś ten ImageMagick? W GIMP raczej już nic lepszego nie uzyskasz, ale może warto sprawdzić inne programy?
Format BMP w standardowej 16-bitowej głębi kolorów nie obsługuje kanału alfa. W 16-bitowym BMP zazwyczaj stosuje się 5 bitów na kolor (czerwony, zielony, niebieski) oraz 1 dodatkowy bit (czasami dla zielonego ze względu na ludzką percepcję). To oznacza, że nie ma miejsca na przechowywanie danych o przezroczystości (kanał alfa).
Natomiast BMP wspiera głębsze formaty kolorów, takie jak 32-bitowy, który może zawierać kanał alfa (8 bitów na kanał koloru: czerwony, zielony, niebieski, oraz 8 bitów na kanał alfa).
Urządzenia, które wymagają specyficznych formatów graficznych, takich jak 16-bitowy BMP, mogą obejmować starsze systemy wbudowane, urządzenia medyczne, maszyny przemysłowe, starsze systemy gier wideo czy specjalistyczne oprogramowanie, które zostało zaprojektowane w przeszłości pod kątem ograniczeń sprzętowych. W takich przypadkach 16-bitowa grafika była kompromisem między jakością a wydajnością, jednak nie miała wsparcia dla przezroczystości.
Jeżeli zależy Ci na 16-bitowej grafice z kanałem alfa, musiałbyś wybrać inny format pliku, np. PNG, który oferuje takie możliwości, lub 32-bitowy BMP.
Wydaje mi się, że jednak coś namieszałeś z tą głębią i kanałem alfa, bo raczej taka konfiguracja nie jest możliwa. Jeśli masz obrazy zawierające przezroczyste lub półprzezroczyste fragmenty, to zamień je na kolor czarny. Kiedyś robiłam w BMP przycisk Start dla Windows 7 i właśnie czerń była interpretowana przez system jako przezroczystość (przycisk miał półprzezroczystą poświatę)