Jeśli masz grafikę 64-bitową czyli tą z nieobsługiwanym kanałem alfa i chcesz ją edytować, to zamiast otwierać bezpośrednio w GIMP, utwórz nowy, pusty obraz i dopiero wtedy otwórz tą grafikę jako nową warstwę tego obrazu. Oczywiście najlepiej utworzyć obraz o takich wymiarach, jakie ma mieć docelowa grafika.
To czy plik jest 64 czy 32-bitowy sprawdzisz pod PPM we właściwościach pliku (zakładka: Szczegóły), ale to już kwestia znajomości obsługi system, nie GIMP-a. Podpowiadam, bo zauważyłam, że chyba nie umiesz tego sprawdzić
@Edycja:
Zauważyłam teraz, że coś się skaszaniło na forum z ikonami pokazującymi wersję OS pod nickiem użytkownika. Moja instrukcja dotyczy Windows 7, dziesiątki nie znam, ale pewnie podobnie będzie