Mi się często zdarzało, że musiałam kliknąć w wybrane narzędzie ponownie, bo za pierwszym razem tak jakby wybór narzędzia nie do końca zaskoczył.
Taki błąd może się również pojawiać, gdy zamiast myszki używasz tabletu z rysikiem.
Możliwe także, że wklejona warstwa nie została zakotwiczona. Najlepiej zapodaj zrzut ekranu z widocznym oknem warstw i przybornikem oraz oknem opcji narzędzia różdżka.
A odnośnie usuwania tła przy pomocy różdżki polecam najpierw przeczytać tutorial:
https://www.gimpuj.info/index.php/topic,31.0.html