ad. 1 Wydaje mi się, że w Inkscape nie ma takiej opcji, ale też nigdy nie była mi potrzebna, chociaż używam tego programu już dość długo. Możesz po prostu przenieść wszystkie obiekty na jedną wsarstwę
ad. 2 Po prostu usuwasz wypełnienie np. klikając na przekreślony kwadracik w lewym, dolnym narożniku (pierwszy w palecie kolorów) i dodajesz kontur klikając na wybrany kolor palety z wciśniętym SHIFT-em. Wypełnienie i kontur oraz grubość konturu można także ustawić w okienku
Wypełnienie i kontur, wywołasz je skrótem:
SHIFT + CTRL + F.
ad. 3 Zamiast
Wklej użyj opcji
Wklej w miejscu pochodzenia albo zamiast kopiować i wklejać, po prostu zduplikuj

obiekt.