Na screenie widać, że warstwa jest na przezroczystym tle, więc musi mieć kanał alfa...

Hmm... jednak jest białe. A może nie usunąłeś przed zapisem warstw, które miały wyłączoną widoczność i któraś z nich była na białym tle (na screenie nie bardzo było widać jakie tło mają te warstwy w oknie warstw)? Szkoda, że jednak nie załączyłeś tego pliku xcf.

Obawiam się, że obrazek został zapisany prawidłowo i ma przezroczyste tło, tylko w Twojej przeglądarce go nie widać. Wrzuć do galerii forumowej albo na jakiś hosting i wklej tutaj, a prawdopodobnie zobaczymy, że tło jest jednak przezroczyste.

Nie, IE9 nie obsługuje APNG tak samo jak Chrome.

Jeśli zapisujesz w png, to tło powinno być przezroczyste, chyba że masz jakąś białą warstwę. Najlepiej zapisz ten obraz w xcf i załącz tutaj albo daj screena z okna warstw, bo inaczej trudno zgadnąć skąd to białe tło Ci się bierze.

Jeśli chcesz zapisać obraz z przezroczystym tłem, to blokowanie nie ma z tym nic wspólnego. Ważny jest format zapisu. Musisz wybrać taki, który obsługuje przezroczystość, czyli najlepiej png. Zresztą było już o tym na forum dziesiątki razy.

Na filmiku wygląda to tak, jakby były dwie warstwy z mgłą przesuwające się w przeciwne strony.

Sama nie przerabiałam akurat tego poradnika, ale prawdopodobnie coś tam musisz robić źle. Gdybym ja to miała robić, to po prostu stworzyłabym sobie bardzo długą warstwę mgły z bezszwowym wzorem i przesuwała ją stopniowo. Poza tym wydaje mi się, że najlepiej jednak skorzystać z tutoriala na płynącą wodę.

A zaglądałeś do działu: Tutoriale -> Animacje? Myślę, że te poradniki powinny być pomocne:
http://www.gimpuj.info/index.php/topic,43.0.html
http://www.gimpuj.info/index.php/topic,3096.0.html
http://www.gimpuj.info/index.php/topic,1979.0.html
Samą mgłę utworzysz za pomocą fitra: Renderowanie -> Chmury lub odpowiednich pędzli.

Jeśli chodzi o kolory, to spróbuj użyć: Kolory -> Poziomy albo Krzywe.

Tak jak już pisałam, nie wypełnisz za pomocą pędzla jakiegoś obszaru przezroczystością. Nie da się przecież przemalować białej kartki na kolor przezroczysty za pomocą farby i pędzla. Możesz ją pomalować przezroczystym lakierem, ale nie zmieni się od tego w szybę. Nadal będzie biała. Jeśli stworzysz w Gimpie "przezroczysty" pędzel, to po prostu nie będzie zostawiał żadnych śladów, tak jakbyś tylko jeździł samym kursorem po obrazie. Jeszcze inaczej, jakbyś porównał swój pędzel do stempla, to obszar nieprzezroczysty odpowiada części wypukłej, a przezroczysty tej wklęsłej, która nie zostawia żadnych śladów na papierze. Poza tym prosząc o przykład, miałam na myśli grafikę, którą próbujesz utworzyć, a nie pędzel. Być może wtedy znajdzie się jakiś inny sposób na to, co chcesz osiągnąć.
http://4ti.keep.pl/pliki/gimp0.pdf - link do poradnika m.in. na temat tworzenia własnych pędzli (rozdz.6, str.87)

Nie wiem jakim sposobem wychodzi Ci kółko (no chyba, że użyłeś bardzo kontrastowych kolorów). Poniżej masz gwiazdę zrobioną dokładnie tak, jak opisałam i nie ma żadnego kółka:



Tryb gradientu zwykły, kształt promienisty.

Zamiast gradientu możesz również zaznaczyć gwiazdę i wypełnić ciemniejszym kolorem, następnie zmniejszyć zaznaczenie i wypełnić jaśniejszym, a na koniec rozmyć gaussem.

Ustawiasz sobie w przyborniku kolor pierwszoplanowy na taki, jaki ma być w najjaśniejszym miejscu, a drugoplanowy na taki, jaki ma być najciemniejszy. Wybierasz narzędzie gradient i w przypadku gwiazdy kształt gradientu ustawiasz na promienisty, po czym przeciągasz gradientem dokładnie od środka gwiazdy do jej obrzeża.

Nie da się. Musisz do każdej warstwy dodać tło, ale na koniec możesz zastosować filtr: Animacja -> Optymalizuj (dla formatu GIF) i zapisać wybierając opcję zastępowanie lub Animacja -> Optymalizuj (róznica) i wówczas przy zapisie wybrać kumulację warstw.